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1996年7月1日,CCTV-3借节目上星之机调整了栏目布局和播出时间,每周一、三、五以戏曲节目为主,二、四、六以音乐节目为主,每天共播出17个小时。戏曲栏目有《戏迷园地》《戏曲采风》《戏苑百家》《戏曲大舞台》《名段欣赏》《知识库》《梨园群英》等,音乐栏目主要有《音乐直播厅》《星星擂台》《中国音乐电视60分》《星星音乐会》《音乐知多少》《我的成名曲》《请跟我唱》《银屏歌声》《外国音乐》《音乐电视赏析》等。[3] 每晚18:20还重播《东方时空》(含周日播出的《实话实说》)。
1999年8月30日,CCTV-3每天平均播出17小时以上,其中首播节目时长占49.4%。[2] 
2000年12月18日,CCTV-3在保留部分栏目的同时,增加了频道整体节目时长,特别是黄金时段首播的节目时长,陆续推出《周末喜相逢》、《同一首歌》、《挑战主持人》、《走进幕后》、《与您相约》、《聊天》、《综艺快报》、《八面来风》、《国际艺苑》、《朋友》和《外国文艺》等栏目。第三套节目还将《国乐飘香》、《交响世界》、《戏曲采风》、《舞蹈世界》、《电视诗歌散文》等高雅艺术类栏目列为重点,同时以《艺术人生》、《爱心世界》、《演艺竞技场》、《新视听》、《瞬间世界》等栏目,满足广大观众多种多样的欣赏需求。[2] 
2004年10月8日,频道正式改版播出。[7] 晚间节目时段的文化评论性节目《文化访谈录》,以“聚焦热点文化事件、剖析典型文化现象、评说重大文艺作品”为访谈范围,关注当代中国文化的建设。这也是中央电视台唯一一档专门的文化评论栏目。而《联合对抗》作为一档独特的电视竞猜类节目,在实现广泛意义互动基础上,将更具大众化、平民化取向。此外,动漫节目《快乐驿站》在综艺频道晚间时段播出,其电视化的技术和艺术表现手段演绎出新的娱乐形式——“电视漫画”,诙谐、幽默,成为了综艺频道节目类型的有益补充。
2010年4月14日,因"青海玉树发生7.1级地震",按照广电总局的规定暂停娱乐节目1天,全程并机直播CCTV-13(各大频道以及卫视频道全部并机);8月7日,因"甘肃舟曲特大泥石流",按照广电总局的规定暂停娱乐节目1天,全程并机直播CCTV-13(各大频道以及卫视频道全部并机)。
2010年9月,CCTV-3更改版面编排,切齐每天的播出时间,让所有的节目播出都在整分整点上。形成栏目带概念,每天晚上将节目性质相近,受众群体相对一致的几个栏目形成纵向栏目带,而横向节目以日播的形式播出。[35] 改版基于两个基础:栏目内容老化、并且有同质化现象;频道经多年运行、逐次调整编排之后,缺乏有序、科学的梳理。[35] 
2015年4月9日,6月6日至8日,因“东方之星”沉船事故,按照广电总局的规定暂停娱乐节目并播出纪录片,另外还穿插播出2014中国梦歌曲、哀悼结束期间穿插重播《艺术人生》、《文化视点》(《文化正午》、《文化大百科》为首播)等;[36] 8月16日至21日,因“天津滨海新区”爆炸事故暂停娱乐节目改播纪录片,另外穿插播出三十首抗战歌曲,重播《胜利之歌——纪念中国人民抗日战争暨世界人民反法西斯战争胜利70周年音乐会》。
2016年,央视综艺频道布局了以‘战斗机’(十大品牌周播栏目)为护航编队,以‘轰炸机’(黄金档多个重量级季播节目)为主攻部队,以‘直升机’(春晚、元宵晚会、端午晚会等大型特别节目)为特种战队的多兵种协同作战的立体化电视生态体系。特别是全球独创的晚间综艺季播‘三叠拼’的编排方式(即黄昏档+黄金档+夜间档),采用错位竞争,差异定位的方法。[37] 9月13日,CCTV-3更改版面编排,《非常6+1》改为每周一21:00,《越战越勇》改在每周三19:30首播,次周五21:00重播。《我要上春晚》恢复每周日19:30播出,由李思思、任鲁豫主持。10月8日。《幸福账单》临时改为周六21:00,2017年起恢复19:30。