除上述主要离子外,天然地下水还含有微量元素(包括铁、锰、砷、氟、碘等)。一般条件下,这些微量成分由于含量低,不会对人体健康造成负面影响。少数情况下,天然地下水也会含有浓度相对较高的微量元素,高含量铁、锰、氟及砷对地下水水质具有一定的影响。例如,我国华北、西北、东北和黄淮海平原地区,高氟水主要存在于干旱和半干旱地区的浅层或深层地下水中,当地层中有高氟矿物(如萤石)或高氟基岩时,地下水的含氟量就比较高。再比如,我国自20世纪80年代初在新疆发现地砷病以来,又先后在内蒙古、山西、吉林等12个省(区)发现地砷病病区(长期饮用高砷含量地下水的居民就容易罹患饮水型地方性砷中毒,简称地砷病)。这些地区地下水中砷超标并不是工业化过程中污染导致的,大部分主要是地下含水层岩石向地下水水井渗析出自然环境中的无机砷造成的。对于这些问题,我们目前已有较为成熟的技术处理,只要采取适当措施,不会对饮用水水质无隐患造成威胁。