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保护柱和保留间隙是相同的，但是它们完成不同的任务。二者全是色谱柱前连接的1-10m去活熔融石英管。去活的熔融石英管没有涂渍任何固定相；只是对管壁表面进行了去活处理，以便减小和溶质的作用。要使用一种合适的连接头把这种管连接到色谱柱上。大多数情况下，保护柱和保留间隙柱的直径和色谱柱相同。如果管径不同，最好使用直径大一些的保护柱和保留间隙柱，要比使用直径小的更好一些。
 
当样品中含有不挥发组分时使用保护柱，以免污染色谱柱。不挥发组分沉积在保护柱中而不进入色谱柱中。这样可以大大减少残留物和样品之间的作用，因为保护柱不会保留溶质（因为它没有涂渍固定相），而且残留物不会覆盖在固定相的上面而导致不好的峰形。要定期地切去或处理聚集了残留物的保护柱。保护柱常为5-10m长，以便在整个更换之前可以进行清理。当有峰形出现问题时说明保护柱应当进行处理或更换了。
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